Какой способ охраны выбрать

Патент раскрывает решение и взамен даёт запрет другим. Секрет производства работает, пока решение нельзя законно узнать из продукта. Программа для ЭВМ и база данных регистрируются как есть, без экспертизы «изобретательского уровня». Знак охраняет обозначение в перечне, а не начинку изделия. Депонирование фиксирует, что файл существовал у вас в дату, и не заменяет патент.
Практический порядок такой. Сначала смотрим, что уже раскрыто: статья, стенд, продажа, репозиторий. Потом — что именно жалко потерять, если конкурент повторит. Потом — территория. Только после этого выбираем одну или две формы, а не «давайте все сразу».
Если объект информационный, отдельно проверяем, есть ли технический результат. Новелла про изобретения в ИТ не превращает любой скрипт в изобретение и не отменяет регистрацию программы там, где патент не нужен.